遺産分割協議書が作成されていた

そりゃあまず書面を見るところから始まりますよ。0.001％くらいの可能性かもしれませんが、あなたに全額を相続させる内容かもしれませんし。
また、反論するについても、読みもしないのに、これはこう変えろとか言えないでしょ。嫌だ嫌だと駄々をこねているだけのことになってしまいます。それでは、ご親族から信頼は得られないでしょう。物事は論理的に詰めていかないとお話になりませんよ。

印鑑証明が残っているとすると、実印を押せば、それをもって不動産の登記などできてしまうでしょうから、押印は危険であることは間違いないでしょう。

ただし、どのように遺産分割が行われるべきであるのかは、事情を良くうかがわないといけませんし、証拠なども見る必要があるでしょう。あなたが手切れ金のようなものをもらって家を出たということでしたが、これが「特別受益」というものに該当するのかどうかも、事情を良くうかがわないとわかりません。

まあ、遺産分割協議がうまくいかなくて、争いとなってしまったら、調停を利用するということになるでしょうね。家庭裁判所に調停申し立てをして、調停委員の進行過程での意見もお聞きになればいいと思います。その前に、さまざまな証拠を見せつつ、弁護士にご相談されるべきでしょう。