上司に迷惑をかけてしまい、不安になっている若輩者です

テレワークによるデメリット、20代の方は、聞きたいことをすぐに聞けないことだ、と挙げていましたが、まさにその通りですね。

端的に、わかりやすく指示を出すことが必要なんですから、反応はクールでいいんです。
部下を育てるのは上司の仕事、もちろん、部下自身も努力が必要です。

数年後、あなたが部下を持つようになったときにきちんと指導できるようになっていれば、「あのときはこうだったな」と気持ちを分かってあげられるでしょうし、現在の上司も「あのときはあんなだったのに、立派になったな！」と思ってもらえるでしょう。

わからなくて放置、自己判断してトラブル、が一番やってはいけないことだと思います。