会社都合での退職の筈が自主退職って…。

失業給付の関係でお困りになるのでしょうか？
詳しい状況は分かりませんが、出産なので自己都合扱いになったのでしょうかね？
派遣会社によって違うかもしれませんが、妊娠の場合は、自己都合の退職扱いになります。コロナのために派遣切りしたとの扱いにならなかった？とのことでしょうか。
有給を使うと自己都合の退職になるのは、派遣で働いていた会社の規定なのか？派遣会社の規定なのか？分かり兼ねますが、工場長は主さんを思い遣ってのことでしたが、規定等を知らなかった？のかもしれません。裏切られた訳ではない様に思います。
いずれにしても離職票は派遣会社から貰ってますでしょうから、派遣会社に事情を説明してみたらいいかと思います。
あと出産の場合は、ハローワークに受給期間延長の申請をお忘れないように。