これって酷くないですか？

うーん。
主さんからすると新入社員が約束を破った。説得したのに裏切った。って言いたいのは分からなくもないけどそれは「その部分だけを見たら」の話でT君は、次は無いぞ！って言われてるよね。でも、またパワハラをしてしまったからといって、新入社員を説得するのは違うかな。
社長は主さんを信用して「T君を見張っておいてくれ。次またパワハラをしたら教えてくれ」って言って来たわけで、T君の肩を持つのは社長からすれば主さんの裏切り行為だよね。

業務に差し支えが出てるから新入社員は社長に話をしたわけで、守りたい事情に私情を挟むのは違うよ？

本当にT君の事を思い、守りたかったなら、私だったら1度目にパワハラをしてしまって、教育係を外さかなった社長は改善するチャンスを貰えたと捉えて、プライベートでも仲良くしてるなら特に、二度とパワハラをしないようにきつく言うなり、話し合うなり、今後の対策を立てるなりして、危機感を与えて絶対パワハラをさせない様に持って行くかな。でなきゃT君の為にも自分のためにもならない。お金貰って働いてる会社なら尚更だよね。