有給取る時と休み明け時にすみませんと言わない人

その手の方は対応を間違えると長引き社内の雰囲気を悪くしてしまいますよね。

なるほど。
そうですか。
しかし、そもそも有給は付与されている権利ですから、〇〇さんも今後そこまでしなくてもいいですよ。
頻繁に休むなど、体調面が心配な場合があるようならば改めて対応します。

とかいうかもしれません。
また、有給休暇は期間内に取るように決められている会社も少なくありません。もしそれに該当するならそのあたりも説明しますね。謝罪の強要はパワーハラスメント扱いになります。

ただ、一人だけがあまりに頻繁に取得している状態は他の社員のモチベーションに影響してくるので、比較的労力のいらない部署への配置換え、早期退社への打診などの可能性はあると思います。