オーナーに脅された？

特別な技術が必要なお仕事なんですかね。歩合で稼げる仕事なら、業務委託の内容が明瞭で、歩合の良い会社に変わる方が早いですね。
主さんの場合、恐らく請負ではなく、委託ですよね。成果報酬ではなくて、何時から何時までの店舗運営を委託する形かと。委託する側とすれば、決められた時間内に営業をしてもらうだけで、その準備や時間外の雑用に関しては、委託された側の責任という理屈なのだと思います。
ちなみにそれなりに大きな会社でなら、給与未払いはあまりないので、リスクのある業務委託より普通のバイトや正社員の方が安心ですね、私なら。最近は1分単位で時給が出るバイトも多いので、労働者の権利を掲げるなら、普通にバイトや就職をした方が早いと思いますよ。
形だけでも業務委託だと、こういうトラブルの時に面倒なだけですから。