前の上司と新しく入った上司の違い

>在宅ワークの進め方は現状のやり方は望ましくないから変えるつもり。体調悪化ならば病院へ行って下さい
この通り、以前の上司のやり方はまずいと思ったのでしょう。
ただ、コロナで在宅を言われるようになって１ヶ月半、当初のやり方を変えるかどうか、検証できる時期です。
あなたも社員の一人なので休暇は厳しいと意見してもいいですが、結局会社員なら従うことになると思います。
第一、熱あって十分に働けないなら在宅じゃなくて有給または欠勤が当たり前では？
そんなに給料が欲しいなら、上司が納得するような在宅ワークをするべき。