もう、自分の中で完結してしまっていますが…

辞めたいと伝えられただけでも十分頑張ったと思いますよ！

そうですね、どんな形でもまずは直属の上司に伝えるのが基本です。

自分の場合も会えない上司だったので、メールにて要件を伝え後日話したことがあります。

法律違反や後々の転職にと気にされていますが、退職の意思表示をしたあとに退職届を提出すればなんの問題もありません。

問題になるのは退職の意思表示もない状態で無断欠勤やバックレて懲戒解雇になった場合、
次の転職先で雇用保険被保険者証に退職理由として懲戒解雇が記載されます。

退職の意思表示をしていれば懲戒解雇はまずありませんので後々の転職に影響は出ません。

退職届を用意し、一晩考えましたが辞めさせてくださいと伝えてもいいと思いますよ。

引き止めはせいぜいあっても最低１度くらいは
あります。
それ以降は退職の意思が固いということが相手にも伝わります。

メンタルがやられてしまっては、次もないですよ？