定期代をもらって自転車通勤

アウトですね。
途中で事故にあった場合当然労災もおりず自己負担となります。
それ以上にそれそのものが『横領』にあたるため、懲戒解雇になる可能性もあるでしょう。
私が務めていた会社では解雇要因です。
当然部下にそういった教育をするのは上長の役割となりますが、現状主さんは直属ではなくなったようですので、その方の現在の上司に引越しでもしたのかそれとなく聞いてみてはいかがでしょう。

承認時からの転居はなく自転車通勤で定期代を懐に入れているなら『横領』で、泥棒ですよね。
もし本人に聞いて黙っていてくれと言われてその願いを聞いたら同罪です。
巻き込まれたくないので関わらないか、上長に相談するかの二択です。