上司への対応策

これは、主さんの仕事のやり方が不味いと思うな。
書類の作成依頼は他部署から来たものですね。
そして書類の作成依頼と必要書類の準備は、全てあなたが独力で出来る。
ならば、あなたが直接その他部署の上役に速やかに手渡すべきじゃないですか。
その際、部門をまたぐ訳なので、あなたの直接の上司には、他部署から依頼があった旨を伝え、書類を他部署へ手渡す「承認」だけをもらえば良い。形式的には、手渡す作成書類の表に、上司の検印もしくはサインをもらっておけば、それで充分です。
せっかく書類を作ったのに、それがスピーディーに相手に展開されていないのでは、意味がないでしょ。
相手が、あなたに何を求めているのかを常に考える事。それが仕事というものですよ。上司が整理整頓出来ないだとか、プライドが高いだとか、そんなことはどうでもいいですよ。