何故か自分が怒られた話

接客業なら、落し物・忘れ物・紛失物等のマニュアルがあると思いますが、なかったのでしょうか？
マニュアル通りに出来ていなかったのなら、注意されるのは当然です。

ここで主さんは、
お店でするべき対応と、
客の反応は別物と考えるべきです。

もしもマニュアルもなく初めてのケースだったなら、スタッフ一人一人が勝手な判断で対応するのではなく店長等に報告し指示を仰ぐ必要があります。

まあそれとは別に、
確かにお店へ苦情を言ってくるお客はおかしいですね。
私も接客業をしていて、落し物・忘れ物・紛失物等のしっかりしたマニュアルがありそれに準じて対応していますが、見つかった方から感謝されこそすれ、一度も苦情を言われた事はありません。

もしかしたらお店への苦情というより、中身が足りなかったので一応盗難の恐れとしてお店へ報告しただけとか・・

店長はそれに対しお客様へどのように対応したのでしょうか？
そういった自体も当然考慮した対応マニュアルはある筈ですが。

私の所では、落とし主等からもし何かそれ以上あれば店長に任せることになっており、私達は対応方法は知らないので気になります。

盗難として警察に届けるのかしら？
それならなるべく正確な記述が必要になるので、どの時点で中身が足りないことに気付いたかの記録も必要で・・
(お店側の責任はないが)
それで主さんへ注意したのかもしれないですね。