仕事について悩んでいます

そこはキッチリ白黒はっきりさせとかないとあなたが板挟みになるのはもちろんですけど、先々顧客と提携先企業、自社に迷惑がかからないように、正すべきです。
仕事って、働きって、どこに影響するのか？

顧客が増えれば自社利益も上がる。
自社利益が上がれば給与もアップする。
そのためには提携先企業と方針統一、
または互いの方針を理解してないといけない。
ということを念頭に置いて動いてみてください。

委託先の一番偉い人に、委託元の人の
指導方針と相違があることをきちんと話すべき。

言いにくいとかは論外です。
仕事なのでそこはっきりさせないと。
それを言って空気が悪くなるとか、
相手の機嫌が悪くなるならもうパワハラ
。
そんなとこ辞めましょう。

指導方針統一してから研修開始してね！？
って三くだり半たたきつけちゃいなよ。