「退職を迷ってる」ということを上司に相談するって有り？

どうしても二者択一なら異動と言う事でしょうか。今の勤務先なら通勤不可能になるし、それに再就職・現行福利厚生のことからしても退職はしたくないと思っている。
異動先での環境不安はどんな人でも同じなのですが、貴方は病気があるのでそれ以上に考えてしまう。また文面から察するに、貴方は非常に真面目な方なので、そこで退職を申し出るのは申し訳ないと思ってしまうのですね。
ただ貴方の会社がどういう社風かによりますが、貴方のそういった事情を汲んでくれる会社であるならば、異動を勧めてくれるとも思いますが。

何も言わずにいればこのままの勤務先なのでしょうから、必然的に退職を申し出なくてはならなくなるのではないでしょうか。