挨拶文の文面が不愉快と言われました。

回答が２つあります。
①そのお宅に直接関係ない工事の場合。
テンプレに慣れてない、クレーマーなだけでは。
普通の社会生活を営むいい大人なら、パソコンで作った文章を見て、配り歩いていたけど不在だから置いていったんだなーと思うはずです。
②持ち家の場合で、隣に家が建つとか、家の前の道路を工事するなど、大掛かりかつ長期になり、その状態が数十年維持される場合。
自分の敷地に入り込むなど敷地や住宅にマイナス要素が起きることを非常に嫌がりますから、工事業者と直接話したいものです。
従って、あなたのやり方は配慮が足りない。
「直接ご挨拶に伺っておりましたが、ご不在でしたので手紙だけ入れさせていただきます。後日改めてお伺いさせていただきたいと思います。」
の一文を手書きで入れる必要はありました。