上司の改ざん

タイムカードのコピーは正解だと思います。

ただ上司の不正というよりは、さらにその上からの指示という場合もありますよ。

会社の立場上残業時間を減らして記録に残したいのか、残業を減らせと上から言われているのに上司が隠している状態なのかは確認が必要だと思います。

前職が製造でしたが実際の残業時間と会社に申請する時間は別になってました。内部告発があって労務局員？7,8人で土足で乗り込まれた時にはさすがに驚きましたが、労働基準監督署に相談または通報という形で在職中に話しを持っていけば悪質な場合は動くそうですよ。前の会社の時は3ヶ月の張り込みした上での踏み込みでした。