これおかしいですよね？

別に主さんについてはおかしくないですよ。
主さんが休みになったのは、お店の都合ではなくて、台風の影響なので、お店に責任はありません。
なので、代わりに他の日に出勤して辻褄を合わせることにしたのでしょう。
ただ、もともと10/12に休みだった2人の休み扱いがなくなったのはおかしいですね。10/12は4人全員働いていないので、全員休み扱いが妥当だと思います。
月の固定給だとしたら、決められた日数働く前提なので、休みが増えた2人は減給にならないとおかしいと思います。
全員アルバイト等で時給や日給で給与計算されるなら、実働分の給与が払われれば、別におかしくはないと思います。