いいです。大丈夫です。断り方

私がお店で言われる「ポイントカード大丈夫ですか」は、「持っているなら出して」という意味だと思います。
「作りましょうか」という意味で使われている場合もあるかもしれませんが、どちらにせよ「大丈夫ですか」には違和感があります。

日本語を母語とする人たちは、意思表示の多くを言葉以外のものを介して行われると考えられています。
だからどちらとも取れる表現が一般的に使われているのです。
このような人たちの間では、表情や仕草、間合いなども重要なコミュニケーションツールです。
そのようなものをあまり使わず、言葉で正確に伝えることをよしとする民族もいます。代表的なのがドイツ人です。

私もいわゆる空気や表情から読むのがそれほど得意ではないので、主さんのお悩みもわかります。