いいです。大丈夫です。断り方

文章を書いて生計をたてているものです。

確かに今は、「いいです」も「大丈夫です」も、どちらにもとれる表現として使われています。
私も、断る意味で「大丈夫です」と言われるのは苦手。
大丈夫というのは、本来「何か問題があるかもしれない」という前提の元で使う言葉だと思っていますので、
逆にお店で「ポイントカード大丈夫ですか」などと聞かれると、イラっとします。

というわけで基本的には主さんの気持ちは理解できるんだけど、「カードお作りしませんか」というその表現への答えとしてなら、どちらも否定にしか感じません。私は。
肯定なら「はい。作ります」となどのはっきりした表現か、「いいです“よ”」になると思うからです。

「いいです」「大丈夫です」というどちらにもとれる表現が使われるようになったのは、そもそもはっきり否定することが苦手な日本人の気質によるものだと私は思っています。
だから、逆に肯定の場合にはむしろ曖昧な、どちらにもとれる表現は使わず、はっきりと肯定だとわかる言い方をするのが常だと思います。
「どっちかな」と思ったら「否定なんだろうな」と思い、確認の意味で「また機会があったらお願いしますね」などと言えばいいんじゃないですか。

ついでですが、「お作りしませんか」は敬語的には誤りです。「お作りになりませんか」が正解です。