今の私は休職すべきなのか自分のことが分かりません。

休職して様子を見ればいいと思いますよ。医師に診断書を書いてもらって。
前の職場や現職場とは異なる職場を会社が提供してくれるのであれば、きちんと直してから職場に戻ってもいいと思います。書かれている内容からは会社はそう考えているように見えます。いらない人材だったら、そこまでしてくれないでしょう。
ただ、あなたとルールとの関係が少々気になります。仕事はルールに従ってやるのが当然で、不適切なルールだったり無駄なルールであったら、そのルールを変えるのが適切な行動であり、勝手に自分の考えで仕事をするのはよろしくないし、それができないのであれば、どこかで今回と同じような状況に陥ってしまうことも考えられます。ルールとのお付き合いについては、よくご自身で整理ください。