解雇をされる内容か。

上司への報告をＩＣレコーダーに取ったり、報告した事実や証拠動画があるなら、もういいんじゃないかな。
事実を知って言わなかった責任が主さんに問われなければいいと思う。
何か問われても、上司から上層部に話が言ってるものと思っていたとすれば。

あくまで会社と横領してる従業員の問題であって、主さんは上司に報告をしてるんだから、バトンは上司にあるよね。
あとは有らぬ疑いをかけられないように証拠は残しておけばいいんじゃないかな。
上司も本人と話して厳重注意をしているかも知れないし、対処方法をどうするかは上司の責任で片付けてもらえばいいんじゃない？