社保加入だったはずなのに。

個人事業主の場合、健康保険、厚生年金は常時5人以上の従業員を雇い入れている場合は、
加入に義務があります。
5人未満であれば、その限りではありません。

ただ、雇用保険や労働保険は従業員が1人でも加入義務があります。

契約書に社会保険加入検討ではなく、加入とはっきり書かれていれば加入がないのはおかしいですよね。
ただ、主さん1人が社会保険加入となると、もし従業員がもう一人雇うと、その人も加入しないといけないから慎重になっているんでしょうね。

会社と戦うならば、辞める覚悟でなさった方が良いと思います。