社会保険か国民保険どちらがいいですか

個人事業主じゃなくて法人なんでしょ？

まずはＨ29年度保険料額表を見なよ。
保険料は地域によって違うから。
保険料が標準報酬月額で決まるから、役員報酬をいくらにするかで変わるよ。

国民健康保険と国民年金を払ってきたなら、社会保険（協会けんぽと厚生年金）に切り替わっても、遡って請求されるわけじゃない。
ただ、国保・国年→健保・厚年に切り替わるだけ。

取締役の配偶者でも第３号被保険者になれると思う。

社会保険料の支払いは、個人負担分と法人負担分を併せて支払う。
会社が社会保険料の半分負担してもらえるサラリーマンじゃないから。
会社からの役員報酬は、個人負担分を差し引く（天引き）。