お客様にお帰りの準備を待ってたら、挨拶はないのかと怒られた

１つ１つの動作の後に声かけはしていますか？
会計直後にお礼を言わないのはあまり印象が良くないと思います。
主さんが逆に買い物をした時はどうですか？

２回お礼を言ってはならないというルールは初めて聞きました。
私は違和感を覚えたことはないですし、聞いたことがないマナーです…。
接客系の本で、「最低でも５回はお礼を言え」という文章を見たことはありますが。

来店時にお礼、商品を取ったときにお礼、レジに来た時にお礼、会計直後にお礼、お店を出るときに最後にお礼。
ここまでお礼はしなくてもいいでしょうが…。会計時にお礼がないと、「感じ悪いな。店を出るときにだけ挨拶するのかな？なんか肩透かしだな」と書いてるブログみたいなのを見たことがあります。

会計直後のお礼は、「買ってくれてありがとう」の気持ちを伝えるためで、帰るときのお礼は、「来店してくれてありがとう」なので、また意味が違います。

百貨店のマニュアルがそうなっているということであればそのままでいいと思いますが、同僚も全く同じように接客されているのでしょうか？

ありがとうございましたの代わりの言葉は用意されているのでしょうか？
その客が常連であれば、次も同じ対応だとクレーム化しかねません。