大学3年、アルバイト、やめるべきか

本当なら、仕事で問題が起きた時には逃げるのではなく改善に向け話し合ってみるのが一番理想的だとは思いますが、学生バイトという立場上店長に意見するのは気が引けるのもわかります。

これが社会人だったら職歴にも傷が付きますし生活がかかってるのでそう簡単にやめるわけにいかないと思いますので、
変に辞めグセが付かないように「今回は特別」として辞めるのはアリだと思います。引き継ぎもきちんとして、責任を果たした上で辞めれば、あとは何も後ろめたく思うことはありません。

3年生の夏から新たにバイトを始めるのも全然ありだと思いますよ。
面接の際にいつまで働けるかをきちんと告げて、それを含めて面接官の方で採用不採用を決めると思います。

もしくは半年だけとか3ヶ月だけとかの最初から短期で募集しているバイトもたくさんありますから、そういうバイトを卒業までの間に何個かやってみるのもいろんな職種の事を知れて良い社会勉強にもなりそうですね。
社会人になってからは一般的には一つの会社でずっと働くことになるので、学生の今しかできないことをやるのも良い経験になると思います。

ちなみに私は学生のとき、短期バイトをいくつかやってみて自分にはどんな仕事が得意でどんな仕事が苦手かを把握でき、就職希望先を決める際にとても役に立ちました。