確定申告？年末調整？収入申告？

追記
ちなみに、納税の仕組みをサラっと説明すると、所得に対しての申告は、年末調整で源泉徴収(会社でやってくれるもの→源泉徴収票を渡されますよね？これは、再発行できるから会社に言いましょう)して、2～3月に、前の年の1～12月分の所得に対して行う国税の分を、確定申告として税務署で行います。
会社でやってくれる所もありますが。
まあ、分からなかったら、『自分が住んでいる場所の税務署』に聞きましょう。
8時から17時まで、やってます。

で、その所得のデータを元に、住民税を6月に払ってくださいと今度は区役所とかから、お知らせが来ます。
主さんは悪くないけど、元旦那さんがセコいか、だらしないために、『離婚して、扶養を抜いてください』と会社に言ってないために、どっちも未申告になってるから、全ての業務が出来なくなってますよ、と言われてるわけです。

たぶん、さかのぼりで申告できると思いますよ。
区役所のは、『税務課』に相談ですね。
離婚の手続きしてるなら、話はすんなり通ると思いますよ。
年末調整で、役所がバタバタする前に、相談にいきましょう。
頑張って。